Os grupos religiosos cristãos insistem em dizer que a escola, ao abordar questões de gênero, desejam e insistem em ensinar a criança a se tornar gay, lésbica, travesti ou transexual, como se as crianças pudessem ter seu desejo e sua identidade alteradas ao fluxo da intervenção do adulto. Para evitar esse tipo de desvio, tai grupos tentam aprovar projetos como o Escola sem Partido, justificando que protegem as crianças contra tais ameaças.

Em Identidade de gênero não se aprende na escola, a professora Marlise Matos destaca que as relações de gênero são estabelecidas de modo estrutural muito antes de as crianças ingressarem nesse espaço. Além disso, ela observa que é necessário compreender a identidade de gênero como fenômeno biopsicossocial, que integra as condições biológicas, psicológicas e sociais onde a criança se encontra inserida.